据《深圳植物志》，深圳市陆上共有各种优势植物182科、858属、1443种，被子植物占主要地位。在深圳市的陆域植被型中，南亚热带常绿阔叶林、园林植被和人工常绿阔叶林分布范围较广。1980年时，深圳有34种以上的国家重点保护动物，20种以上的广东重点保护陆生动物。

昆虫：深圳有超过1万种昆虫，最常见的蚂蚁、蜜蜂、蝉、蟋蟀、蜻蜓、蟑螂、白蚁等，2011、2012年由本地昆虫爱好者在盐田和大鹏半岛发现了两种蚁甲科新种（Sinoclavigerodes yalianae、Anaclasiger zhudaiae），被美国生物学杂志确认并发表[3]。

鸟类：在深圳每100种雀鸟中，有40种是迁徙候鸟，将深圳作为短暂休息地。其中30种为冬季候鸟，秋季时会飞来深圳越冬，春季离开；有5种是夏季候鸟，春季时飞来深圳，秋季离开。候鸟比例占据深圳野生鸟类的75%[3]。

随着人口迁入，以及城市化和工业发展，深圳部分动植物栖息地减少、割裂，生存空间被挤压，甚至被捕猎，2003年10月《深圳特区禁止食用野生动物若干规定》实施前，整个深圳被人类食用的野生动物每年超过800吨，仅蛇类的最高日消费量就达10吨。部分动物已经在区域内消失，部分濒临灭绝。

境内已消失动物：

华南虎（1960年代）

赤麂（1980年代）

南狐（1980年代）

水獭（1990年代）

穿山甲（1990年代）

濒危物种：

土沉香

紫纹兜兰

黑脸琵鹭

大灵猫

中华白海豚